南京牛首山佛顶宫属于深坑建筑，外空间分为大穹顶和小穹顶两部分，寓意为外供养和内供养。内空间分九层，地上三层、地下六层，地下层由舍利大殿和舍利藏宫两大空间构成。
禅境大观涵盖了地上三层，由佛陀出生、成道的禅境花园及如莲剧场三个部分组成，三个部分展现了佛祖一生的行迹。
禅境大观的顶部是娑罗穹顶，图案来源于佛陀涅槃时的娑罗树杈。穹顶可以营造出清晨的第一缕晨曦、正午热烈的日光、傍晚的彩霞和入夜的月光。当穹顶下巨型卧自云雾中佛缓缓升起，所有人都感叹太壮观！
如莲剧场庞大的莲花造型与佛顶宫宏伟的气势相得益彰。整个剧场外围由36片莲花瓣围合而成，每12片围一圈，三层莲花瓣内外相连、高低错落。
剧场中央是极具创意的大型原创机械舞台，卧佛可随台面进行360度旋转，寓意佛法恩泽四方。
剧场中心为全铜铸造的释迦牟尼卧像，表面仿以汉白玉材质，表现了佛祖宁静、安详的涅槃境界。
如果剧场有演出，卧佛会缓缓下降，为演出腾出场地。
千佛殿依照华藏世界的五方五佛来布局，以代表金刚界大日如来的舍利圣塔为中心，加之圣塔上的四波罗蜜菩萨、对称于环廊四周的四方佛、慧门十六尊菩萨、四摄菩萨和八内外供养菩萨，立体呈现了佛教密宗金刚界曼荼罗第四供养会的神圣场景。
千佛殿中心最惹人注目的是供奉佛祖顶骨舍利圣塔。塔高21.8米，造型基于大报恩寺鎏金七宝阿育王塔造型，取象于敦煌莫高窟中的倒立须弥山形中心柱，象征了清净庄严的华藏世界。
万佛廊由地下三、四、五层构成。地下第三层重点表现中国佛教文化，有两条经文偈语走廊和十六幅绢裱工笔画。
舍利藏宫位于地下44米处，佛顶骨舍利将长期供奉在藏宫大殿内。舍利藏宫以暗色调为主，营造庄重、神秘的氛围。
据典籍记载，2500年前释迦牟尼佛涅槃后，留下了佛牙、佛指、佛顶骨等不同类型的佛真身舍利，佛祖的这些遗留物被信众视为圣物，争相供奉，其中以佛顶骨舍利最为珍贵。2010年，佛顶骨舍利在南京盛世重光，2015年10月27日被正式迎请至牛首山佛顶宫长期供奉。
佛法改变命运
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